最强战士贝利亚因为渴望力量偷取等离子火花塔而坠入黑暗，走上歧路的贝利亚发起了一场叛乱。最后还是奥特之王亲自出手才平定了这场叛乱，并将贝利亚打进宇宙监狱。多年以后，扎拉布星人拿着终极战斗仪在宇宙监狱救出了贝利亚。重获新生的贝利亚直接杀回光之国，以报当年被封印之仇。一场大战过后，贝利亚夺走了光之国的核心能源，最终导致奥特之星瞬间冻结。只有少数奥特战士得以成功逃离，剩下的奥特战士都被冻结在奥特之星上。 梦比优斯奥特曼等少数逃出的奥特战士，肩负着光复光之国的使命。不过仅靠他们几位奥特战士的力量还不足以对抗邪恶的贝利亚，所以需要更多的力量才行。后来在对抗贝利亚的战斗中，赛文奥特曼陷入危机，其他奥特战士的情况也不容乐观。于是，赛文奥特曼发出了求救的飞镖。 远在他乡修行的赛罗奥特曼，原本正在雷欧奥特曼的指导下，进行高强度训练。结果突然看到自己父亲的头镖飞了过来，在奥特之王的指引，赛罗奥特曼提前结束修行，火速赶往怪兽墓场，支援自己的父亲。

已经迎来了宇宙开拓时代的人类，组成了为开采在宇宙行星的资源进行支援的战斗组织[ZAP SPACY] 。 『超级银河—大怪兽乱斗』正是以[ZAP SPACY]的宇宙运输船船员们而展开的故事。 他们更改了当初的航行计划，并驶向了宇宙的边境行星——波利斯。 正是因为来自波利斯的定期联络突然被中止。 而原因却不明…… 不久到达波利斯的4名队员，等待着他们的却是波利斯已被荒废的惨状。4人正准备调查此事时，面前出现了巨大的身影…… 那是以前在地球出现过，但是大部分人认定现在已经灭亡了的怪兽！！！ 就在同一时刻 出现了能够驾驭怪兽的青年——（レイ）零 他到底是什么人？ 想象一下！激烈程度达到顶点的战斗就要开始了──！

从行星波利斯逃脱等待重返地球的空间盘龙号，自称“雷奥尼克斯猎人”的神秘男子侵入其中。同时，其他的宇宙人们也正暗中开始行动，ZAP SPACY的船员们被卷入战争。

ZAP SPACY收到了求救信号，雷等人迅速驾驶盘龙号前往，但却被吸进扭曲空间。在扭曲空间的一颗惑星上，雷他们遇见了其他次元的自己，并且出现了一头机械哥莫拉。 原来在这个星球上，莎乐美星人正在进行秘密试验，令所有次元的联系都集结在一起。雷召唤哥莫拉迎战机械哥莫拉不敌，正当危急之际，赛罗奥特曼出现营救。而为了计划的继续进行，莎乐美星人启动了黑暗独眼巨人赛罗。

某日，东京突现超大型怪兽，它横冲直撞，无所畏惧，肆意蹂躏者首都的街道和建筑物。在此危急存亡的时刻，日本自卫队迅速出动围堵，然而怪兽发射出超强电磁波，令自卫队的武器全部失灵。万般无奈之下，防卫省只得求助因涉嫌捏造事实而被学会驱逐的生物研究第一人——西乡博士（真夏龙 饰）。博士开发了一种神奇的药物，可以让人的身体瞬间巨大化。他的助手新田（齐藤秀翼 饰）在服用药物后，立刻变成了高达40米的超人（饭伏幸太 饰）。超人很快打败怪兽，成为全日本的英雄。 可是就在不久后，新的怪兽现身日本，它不仅能力更强，甚至还将超人击败。为了拯救日本，西乡博士使出最后的杀手锏……

1969年3月21日至5月31日在日本东京小石川后乐园的大宇宙怪兽馆360度环幕影院播出，影院一共有10面幕布，用10个投影仪播放，剧情是先绕小石川后乐园一圈，接着会出现布思卡主持节目，接着就是初代和赛文和各种怪兽格斗，最后以白屏结束

将《奥特Q》直到《爱迪奥特曼》的怪兽与奥特曼的名战斗场面集然后再追加编集的剧场版作品，由奥特曼兄弟的老大·佐菲负责解说。本作有36只大怪兽登场。